La gestion des poissons migrateurs à l’échelle des grands bassins fluviaux est assurée localement par les Comités de gestion des poissons migrateurs regroupant l’ensemble des acteurs concernés. Ils mettent en place des Plans de gestion des poissons migrateurs - qui fixent les mesures utiles à la reproduction, au développement, à la conservation et à la circulation des espèces, les plans de soutien d’effectifs ainsi que les conditions d’exercice de la pêche dans leurs bassins respectifs. Ces plans intègrent, entre autres, les déclinaisons locales du plan de gestion de l’anguille, issu du règlement européen, en tenant compte des caractéristiques du territoire.

Les populations piscicoles amphihalines sont protégées, de façon directe ou indirecte, par de nombreuses mesures réglementaires.
Un encadrement réglementaire de la pêche des poissons migrateurs a été mis en place afin de garantir une gestion raisonnée des stocks et de limiter la surpêche, une des causes de déclin.