Les zones vulnérables aux nitrates découlent directement de l’application de la directive « nitrates ». Cette directive de 1991 oblige chaque État membre à délimiter des « zones vulnérables » où les eaux sont polluées ou susceptibles de l’être par les nitrates d’origine agricole. Elles sont définies sur la base des résultats de campagnes de surveillance de la teneur en nitrates. Des programmes d’actions réglementaires régionaux sont appliqués sur ces territoires.

Le 5ème programme d’action nitrates est décliné au niveau national et régional. Il vise à protéger les eaux contre la pollution par les nitrates d’origine agricole. Il comprend des mesures obligatoires au titre de la directive européenne ainsi que des mesures issues du Grenelle de l’environnement.